Нужно читать-управлять обоими VFO, включать-отключать сплит, переключать виды модуляции - это базовый минимум.
Еще важно корректно обрабатывать запрос статуса трансивера (например для Kenwood это команда IF; со стороны программы), чтобы логи с ума не сходили (не теряли связь с трансивером).
Посмотрите, как это изящно получается через XFC, может понравится тоже:
https://www.youtube.com/watch?v=77O5XX4LQQo
Тут в ролике конечно с черепашьей скоростью пример, а по факту всё гораздо быстрее бывает нужно щелкать.
Насчет телеграфа, нужно подумать, как получить из синтезированного сигнала нужную wave shape, при том, что ~9МГц и как его коммутировать...
А может ограничиться sin аудио генератором из атмеги и подать его на БМ передатчика, наверно при отстроенном уровне будет нормального качества сигнал... (можно еще применить хитрость, сделать его скажем 2.5кГц, чтобы высшие гармоники кварцевым фильтром очищались, а разницу в частоте учесть в гетеродине на ТХ.