Всем спасибо, проблема решена! Оказалось опечатка в распайке разъема в мануале. Когда (после попытки перепрошивки) полез дальше по схеме, чтобы прозвонить прохождение соответствующих кодов, увидел, что 1 и 7 ножки перепутаны местами по сравнению с сервис мануалом. Перепаял по сервис мануалу, все заработало, все управляется! Всем спасибо за участие и советы (особенно ребятам, которые делают SunSDR2, в частности Василию!).