У вас есть проблеммы, просто вы о них не знаете или того хуже знаете , но игнорируете. Вам нужна хорошая книжка на эту тему. Тут в одной из тем давали ссылку на подобную автор "Волин". Скачайте и хотя бы пролистайте.
Там правда много теоретических подробностей они вам может быть и не понадобятся , но там есть таблицы в которых приведены ёмкости отдельных проводов относительно массы устройства или емкости проводов между собой. Знать это очень важно, тогда на многие вещи будете смотреть совершенно по другому..
Кустарно сделанные платки с аналоговыми и цифровыми цепями сами по себе нужно рассматривать как "передатчик" способный генерировать помехи и их комбинации вплоть до сотем мгц.. Однако уровни помех там минимальны и сначала могут себя никак особо не проявлять т.е. эта "плата-передатчик" без антенны.. Однако как только вы подпаяете к такой плате провода и кабели считайте что к "передатчику" подключили излучающие антенны, уровни помех возрастут во много раз.. Избавиться от них практически невозможно, можно только опытным путём уменьшить их влияние, к примеру сделать несколько опытных образцов устройства с различной топологией плат сделать дистанционные замеры их излучений и выбрать лучшую, экранировать участки платы стальными экранами, питание заводить через фильтры.. и т.д. В общем нормальная рутинная конструкторская работа...