В том то и дело...
Если сделаете по предложенному мной варианту, то на время расчёта прерывания не на до запрещать, пусть контроллер считает себе, если в это время будут приходить импульсы от валкодера, то они не потеряются а будут накапливаться в bufEnc и в итоге частота перестроится ровно на столько, насколько был повёрнут валкодер без пропуска импульсов.Если пользуетесь только одним выходом Si5351A, то вроде можно не ресетить PLL ( i2cSendRegister(SI_P LL_RESET, 0xA0) ). Возможно ресет понадобится только при смене диапазона.