Точнее, будет писАть в EEPROM только в том случае, если изменения есть.
тыцьNote, unlike the single byte version EEPROM.write(),
the put method will use update semantics. As in a byte
will only be written to the EEPROM if the data is actually
different.
2 DX888
Мне кажется, что в момент записи в EEPROM ваш приемник ловит эти кратковременные всплески в электромагнитном поле, которыми сопровождается процесс записи. И чем реже будет скетч писАть в EEPROM, тем менее актуальна будет проблема. Скетч тут ни при делах, здесь нужен комплекс конструктивных мероприятий, блокирующих и подавляющих эти флуктуации: правильный монтаж, экранирование VFO - Ардуины, DDS, развязки входных/выходных цепей, развязки по питанию. В общем, нужны бубен, палка и целенаправленные телодвижения.