Приучите себя работать в основном на слое М1, это слой со стороны пайки выводных элементов, М2 это слой со стороны установки выводных элементов.
Всё бы ничего, но когда приступите к экспорту в гербер файл,-для заказа изготовления ПП на производстве (например у китайцев), получится всё зеркально шиворот на выворот, ну конечно при экспорте в гербер можно всё отразить зеркально, но зачем лишние манипуляции, просто работайте со слоями так, как это задумывалось разработчиком.
Для координатного фрезера можно в LAY формате??? или надо экспортировать в Gerber???