У трёхвыводных компьютерных кулеров один вывод предназначен для регулировки скорости вращения за счёт изменения частоты импульсов встроенного генератора в зависимости от величины на нём напряжения.
Таким образом, два вывода - питание на 12 В, а третий, если не ошибаюсь жёлтый, на него подаем от 0 до 12В через потенциометр-делитель (вручную), или со схемы регулирования скорости оборотов.