Потому что это именно то, что описывает теория: меандр есть сумма гармоник своей основной частоты, включая нулевую, и вся эта сумма множится на входной чисто гармонический сигнал. В результате каждое произведение гармоники на входной сигнал дает ее суммарную и разностную компоненты, при определенном соотношении входных частот некоторые из них могут совпадать по частоте, показывая в результате суммарную амплитуду с учетом фазы. Гармоники меандра быстро спадают с частотой, поэтому для детального обзора лучше включить логарифмический масштаб, как подсказал Сергей. Ну и замена резистора конденсатором просто накладывает ФНЧ характеристику на выходной спектр, ничего принципиально в самом преобразовании частоты не меняя