Это конечно не правильно.
А моргает одинаково и с галочкой Yaesu/Icom old mode и без этой галочки? Эта галочка, на самом деле, достаточно принципиально меняет принцип работы CAT.
А с TR4W такого нет?
Версия лога у Вас последняя 425 или 426?
Да и еще - попробуйте выбрать в логе OmniRig - мигание будет?