Если хотите, чтобы можно было в будущем использовать винчестеры по отдельности, то при установке новой системы на новый HDD, на время установки отключите старый загрузочный HDD, чтобы не повредить его загрузчик новой системой - после окончания установки можно подключить старый диск обратно и выбирать загрузку через BIOS.